上海市儿童医院呼吸科是本市设置较完善的小儿呼吸内科，设有专科门诊，哮喘门诊，专科住院病区(床位40张)。

拥有支气管镜检查室、肺功能室、特异性免疫治疗室和中心雾化室。现有主任医师2位、副主任医师1位，主治医师1位。学科主要特色1.小儿呼吸系统感染性疾病的诊治、病原微生物及细菌耐药监测。2.小儿哮喘及相关的过敏性疾病的系统诊治、特异性，免疫治疗。3.小儿呼吸系统疑难和难治性疾病诊治。4.开展小儿纤维支气管镜及肺功能检查。